La Pastoral Indígena se encuentra en proceso de desarrollo y fortalecimiento. Su trabajo se orienta a reconocer y caracterizar a las comunidades indígenas presentes en la región, identificar sus particularidades y necesidades, y construir propuestas pastorales acordes con sus realidades.
Actualmente, se adelantan procesos de acompañamiento con ocho cabildos indígenas, con el propósito de establecer caminos de trabajo conjunto que respeten sus tradiciones, fortalezcan su identidad cultural y espiritual y favorezcan su desarrollo integral.